L'église Saint-Pierre est une église catholique, et romane. Son toit est fait de pierres. L'église, qui se trouve englobée dans les terrains de l'abbaye, a dû précéder l'abbatiale actuelle, construite au XVe siècle. Une inscription dans le croisillon nord de l'église fait remonter au XIe siècle la fondation de la chapelle dédiée à Saint-Jean-Baptiste. Le chœur et une grande partie du transept ont été refaits au XVe siècle. La nef actuelle date de 1862. La partie la plus ancienne comprend le transept, avec son absidiole, le chœur et le clocher qui s'élève sur la croisée du transept. Dans l'angle du chœur et du croisillon sud s'élève une tour d'escalier polygonale du XVe siècle, conduisant au clocher.
Le chœur, les absidioles, le transept et le clocher à l'exclusion de la flèche moderne (cad. A 798) sont inscrits au Monuments historiques par l’arrêté du 16 juillet 1962
Le 10 décembre 2017, Georges-Marie Chenu, ambassadeur de France et ancien élève du Lycée-collège, lors du lancement de la souscription «Fondation du Patrimoine» pour la rénovation de la toiture de la Chapelle Saint Jean-Baptiste, refit l’historique de ces lieux.
La Chapelle Saint Jean Baptiste de l’Eglise paroissiale Saint Pierre de Pontlevoy.
Il est important et heureux que soient prévus des travaux de couverture sur la Chapelle Saint Jean Baptiste : cette Chapelle est la partie la plus ancienne de notre Eglise paroissiale.
Là se trouvent les murs du premier lieu de culte chrétien à Pontlevoy. Evêque de Tours, de 371 à 397, Saint Martin avait entrepris l’évangélisation des pays de Loire et du Cher. Avant son action pastorale, le culte catholique était cantonné aux grandes agglomérations ; païennes, les campagnes étaient souvent dangereuses.
C’est au début de la période mérovingienne - entre 480 et 580 - que ce premier bâtiment religieux fut édifié dans le village sur une légère éminence. Cela est confirmé par la présence autour du modeste édifice de nombreuses tombes mérovingiennes qui formèrent un vaste cimetière.
L’Eglise primitive était étroite, basse, avec un toit en bois ; d’où de fréquents incendies car, à la place de bancs, de la paille ou du foin était répandu sur le sol.
En 1841, des fouilles, pratiquées sous le pavement, mirent à jour une pierre portant l’inscription suivante en latin :
«Au temps d’Ansbert, premier Abbé, femme Adénor fit édifier un autel consacré à Saint Jean le Baptiste, au temps d’Henri » :
- Ansbert : premier Abbé de l’Abbaye fondée en 1034 par Gelduin, seigneur de Pontlevoy et de Chaumont,
-Adénor : épouse de Gelduin,
- Henri : le Roi Henri 1, roi de France de 1031 à 1060, troisième roi capétien.
Alors que le tout récent monastère s’installait dans la place forte de Gelduin, le Château Saint Pierre, l’Eglise primitive était restaurée par sa femme et dédiée à Saint Jean Baptiste ; restauration qui fut réalisée entre 1034 et 1045, date supposée de la mort de Gelduin.
La population du village augmenta rapidement. Les déforestations conduites par les Moines multiplièrent les espaces cultivables. Il fallut agrandir l’Eglise.
Au XIIème siècle, fut édifié, vers le Sud, tout contre l’Eglise primitive, un grand bâtiment, de style roman, soutenu par quatre piliers hauts et massifs, avec au centre, à la croisée du transept, l’autel principal.
Au XIVème siècle, nouvelle modification : le chevet de la grande Eglise est agrandi vers l’Est et orné d’une nouvelle abside de style gothique flamboyant ; celui que les Moines viennent d’adopter pour reconstruire, à partir de 1446, la Chapelle de l’Abbaye, détruite par les Anglais.
C’est vraisemblablement à cette époque que l’Eglise paroissiale fut consacrée à Saint Pierre ; la sculpture de la « Clé de voûte » de l’abside gothique montre le nouveau saint Patron avec ses clés.
Au cours de ces transformations, les murs de la Chapelle Saint Jean Baptiste furent exhaussés, garnis d’une corniche, percés de deux « fenêtres-hautes » et surmontés d’une voûte «en cul -de-four». Le premier lieu de culte perdit de son importance et devint une simple Chapelle secondaire, une Absidiole.
Au milieu du XV siècle, l’Absidiole est transformée en Sacristie : une cloison l’isole de la nef et son accès s’effectue par une ancienne porte de l’Eglise primitive. En 1874, est édifiée, au sud de l’Eglise actuelle, une vaste Sacristie et l’Absidiole redevient la Chapelle Saint Jean Baptiste.
Depuis 1878, elle est décorée d’un très beau vitrail, représentant Saint Jean-Baptiste, réalisé par Jules Laurend, maître verrier amateur et reconnu, ancien élève de l’Abbaye -Collège Notre-Dame-des-Blanches. Jean-Baptiste porte en bandeau une inscription latine : « Convertissez-vous et faites pénitence à l’approche du Royaume de Dieu » La pierre d’Adénor est maintenant visible sur le mur nord de l’Eglise, à l’entrée de la Chapelle.
